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Das CZI-Dateiformat von Zeiss

CZI ist das Dateiformat von Zeiss für alle Mikroskopie-Imaging-Anwendungen von Axiovision bis ZEN. Die Bildinformationen selbst werden intern im JPG XR-Format gespeichert, das sowohl verlustfreie, als auch verlustbehaftete Kompression ermöglicht. Es gibt aber auch die Möglichkeit mehrere Aufnahmen für mehrdimensionale Bilder, Zeitreihen, Z-Stapel und virtuellen Slides in eine CZI-Datei zu speichern. Außerdem kann das Format noch folgende Metadaten verwalten:

  • Aufnahmedaten, Keywords, Benutzerkommentare
  • Mikroskoptyp und Einstellungen
  • Laser-oder Beleuchtungsstärken
  • Abmessungen und Maßstäbe
  • verwendete Kontraste und Objektive
  • fluoreszierende Farbstoffe und Filter
  • Tisch- (x,y) und Fokus- (z) Positionen
  • Kamera- und Detektor-Parameter wie Belichtungswerte, Binning, Bit-Tiefe, Pixel-Verweilzeit
  • automatische oder benutzerdefinierte Elemente und Anmerkungen
  • Proben-Barcode-Information

 

 

Der Nutzen, diese zusätzlichen Informationen gemeinsam in einer Datei abzuspeichern, steigt natürlich mit der Anzahl von Softwarelösungen, die das Dateiformat unterstützen. Viele Anwendungen mit Mikroskopiebezug haben die Verwendung von CZI-Dateien bereits integriert:

 

Wer sich mit der Verwendung des CZI-Formats für die eigene Softwareentwicklung interessiert, kann einen Blick auf folgende Open Source Cross-Platform C++ Bibliothek für CZI-Dateien bei Github werfen: github.com/zeiss-microscopy/libCZI

Zum Anfordern einer detaillierten Dokumentation des CZI-Formats gibt es auch das folgende Formular bei Zeiss: www.zeiss.de/mikroskopie/produkte/mikroskopsoftware/czi/czi-download.html

 

Und die wohl nützlichste Anlaufstelle für Fragen zu dieser Bibliothek oder dem Dateiformat ist wahrscheinlich das Developer Forum von Zeiss.

forums.zeiss.com/microscopy/community

forums.zeiss.com/microscopy/community

 

Neue Mikroskopkamera von Zeiss: Axiocam 305 color

Die Axiocam-Reihe wird um eine weitere 5 Megapixel Kamera mit USB3-Anschluß erweitert.  Der 2/3″ CMOS-Sensor mit global shutter schafft beachtliche 36 Bilder pro Sekunde bei der vollen Auflösung von 2465 x 2056 Pixeln.

Mit einer Digitaliserung von 12 Bit und einer vergleichsweise hohen Bidwiderholrate hebt sie sich damit vor allem von der Axiocam 105 color ab, deren Qualität für viele Mikroskopanwendungen bereits ausreicht. Angekündigt wurde die neue Kamera als Nachfolger der ICc5 mit CCD-Chip und lange Zeit waren CCD-Chips besonders für lichtschwache Anwendungen und bei großem Dynamikumfang, allen voran die Fluoreszenzmikroskopie, kaum zu schlagen. Durch die Fortschritte, die CMOS-Sensoren in den letzten Jahren allerdings gemacht haben, brauchen sich diese im direkten Vergleich mit CCD-Chips nicht mehr verstecken.

105 color ICc5 305 color
Anschluß USB 3.0 Firewire B USB 3.0
Sensortyp CMOS CCD CMOS
Sensorgröße 7.1mm (1/2,5″) 11.1mm (2/3″) 11.1mm (2/3″)
Auflösung 2560 x 1920 2452 x 2056 2465 x 2056
Pixelanzahl 4,91MP 5,04MP 5,07 MP
Pixelgröße 2,2 µm 3.45 µm 3.45 µm
Digitalisierung 8 bit 8 / 12 bit 8 / 12 bit
Belichtungszeit 0,1ms – 2s 1ms – 4 s 0,1ms – 4 s
Bildwiederholrate 15 fps 9 fps 36 fps
Kühlung Temperaturstabil bis 30°C Umgebungstemp.
Analoge Verstärkung bis zu 5x bis zu 16x
Binning bis zu 4×4 bis zu 5×5
diese Kamera in unserem Onlineshop diese Kamera in unserem Onlineshop diese Kamera in unserem Onlineshop

Die technischen Daten sehen vielversprechend aus, leider konnten wir die neue Kamera bisher aber noch nicht eigenhändig testen. Auf der Softwareseite gibt es vorerst keine Überraschungen: mit Zen 2 (starter/core) und auch Zen (Blue/light) in allen Varianten funktioniert die Kamera, die Kompatibiltät zu Axiovision ist leider noch nicht bestätigt.

Außerdem fehlt für ein Qualitätsurteil auch noch der offizielle Listenpreis. Als Nachfolger der Axiocam ICc5 dürfen wir aber davon ausgehen, dass sich die neue Axiocam 305 in einem ähnlichen Preisbereich bewegen wird.

Je nach gewünschtem Bildausschnitt empfiehlt sich für die Verwendung des 2/3″-Sensors der Axiocam 305 mit allen Zeiss-Mikroskopen / Vergrößerungen ein Trinokular-Adapter mit dem Faktor 0,5-fach bis 1,0.fach.

 

Empfindlcihkeitsspektrum Axiocam 305 color

Empfindlichkeitsspektrum Axiocam 305 color

Gebrauchsanleitung für Zen 2 Core

 

Die vollständige Gebrauchsanweisung für Zen 2 Core bzw. auch Zen 2 Starter steht nun zum Download zur Verfügung.

Hier gibt es die Deutsche Fassung. Und hier die Englische Fassung.

ZEISS Service DVD 69


Zur Zeiss Microscopy Service DVD Nr. 69 gibt es keine großen Ankündigungen oder Änderungen; die DVD enthält die aktuellste Version von Zen light/blue. Die aktuellste Zen 2 starter/Core Version wurde bereits auf der Zeiss Service DVD 66 veröffentlicht.

Den Download der DVD69 als Zip-Archiv gibt es hier.

 

 

 

 

Für Zen light/blue gibt es übrigens auch ein Tool zum Sichern und Importieren von Einstellungen, So können Sie ein Backup der Einstellungen machen oder diese auch recht einfach auf ein anderes System übertragen. Die Anwendung befindet sich auf der DVD im Unterordner „Other\ZEN 2 blue edition – ManageZENSettings Tool“. Es speichert die aktuellen Zen-Blue-Einstellungen in einem Ordner in Windows-AppData ab oder importiert die Einstellugnen aus einem solchen Ordner.

 

 

Photographiewettbewerb der Universität von Cambridge

2016 Carl Zeiss Photography Competition

Es könnte eine mystische Kristallkugel sein, in Wahrheit zeigt die Gewinneraufnahme des von ZEISS gesponsorten Photographie-Wettbewerbs 2016 der Universität von Cambridge allerdings Graphit in Alkohol, während der Herstellung von leitfähiger Tinte.

Den ganzen Artikel zum Wettbewerb und den Gewinnern gibt es hier. Außerdem wurden die Teilnehmer mit Ihren Bildern auch auf Flickr und mit Videos auf Youtube veröffentlicht.

Playlist: 2016 Photography Competition