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Es gibt zwei neue Mikroskopkamera-Service-DVDs von Zeiss,

• die Service DVD Nr. 74 mit der neuesten Version 2.5 von ZEN 2 Starter und Core, die damit die DVD Nr. 73 ablöst;
• und die Service DVD Nr. 75 mit der neuen Version 2.5 von ZEN light und Blue, die damit die DVD Nr. 71 ablöst.

Es wurden in beiden Anwendungen die Unterstützung für neue Mikroskophardware integriert, deshalb gibt es das Programm MTB (in dem die Mikroskophardware konfiguriert wird) nun in der Version 2.9.0.14 auf beiden DVDs.

Für Zen 2 Core gibt es eine ganze Reihe neuer Module, die meisten Veränderungen betreffen aber nur die Vollversion oder einzelne Module. Es folgt aber dennoch eine genauere Auflistung mit den Änderungen, es hat sich nämlich einiges getan. Die Einzelnen Module verweisen zu den jeweiligen Artikeln in unserem Onlineshop, dort gibt es auch Screenshots zu fast allen Modulen und ggf. eine noch ausführlichere Beschreibung.

Neue Module:

• Modul Gusseisenanalyse
  • prozentuale Form- und Größenverteilung
  • Manuelle Neuzuordnung von Phasen
  • EN ISO 945-1: 2008 + Cor. 1: 2010

• Modul QUAL Data Export
  • eine Oberfläche zur Erstellung von Messergebnisdateien in standardisiertem Format.
  • Übertragung von Messwerten an Datenbanken wie z.B. ZEISS PiWEB oder Q-Stat
  • Erstellung und Export von Dokumenten als Dateien mit der Endung  .dfg, .dfd oder .dfx

• Modul Korngrößenanalyse
  • erfüllt folgende Normen
    • DIN EN ISO 643:2012
    • ASTM E 112-13 Plate I – IV
    • ASTM E 1382-97
    • GB/T 6394 2002 Plate I – IV
  • 3 Messmethoden:
    • Planimetrisch: automatische Rekonstruktion der Korngrenzen
    • Abschnitt: halbautomatische Messung mit Sehnen
    • Vergleich: manuelle Messung mit Vergleichsdiagrammen (wall charts)

• Modul Multiphase Analysis
  • Analyse von Schwarzweiß und Farbbildern
  • Porositätsmessung
  • Korngrößenverteilung in bis zu 32 Phasen
  • Auswahl von Messparametern:
    • Bereich,
    • Fläche, Äquivalenzdurchmesser, Maximaldurchmesser
    • Umfang, Rundheit, elliptische Achsen A und B
    • Farbe, Grauwert

• Modul Schichtdickenmessung (Layer Thickness Measurement)
  • Manuelle und automatische Messung
  • Messen von einfachen und komplexen (gebogenen) Ebenen
  • Keine Begrenzung der Schichtanzahl pro Testablauf
  • Erkennung aller Messpunkte pro Schicht für statistische Auswertungen

• Modul LM-EM Correlative Miscroscopy Materials
  • nur für Korrelative Mikroskopie

• Modul GxP
  • zur Umsetzung von Prüfprotokollen und Freigabeverfahren.
    • Zertifikatsprüfung
    • Mit einfacher oder doppelter Signatur (unterschiedlicher Benutzer) möglich
    • Audit Trail kann bei den Jobergebnissen gestartet werden.
    • Der Anwender kann gezwungen werden den Job weiter auszuführen und abzuspeichern (‘Schritt zurück’ oder ‘Job abbrechen’ sind nicht verfügbar)
    • Ergebnisse müssen vom Anwender signiert werden
    • digitale Signaturen für Leiter
    • Signaturen und Dateien überpüfen
    • Leiter können Job-Vorlagen für einzelne Anwender freischalten

• Modul Richtreihenvergleich (Comparative Diagrams)
  • bietet folgende Funktionen:
    • Bildquelle: live mode, gespeicherte Daten.
    • Vergleich von 1, 2, 4 oder 8 Vergleichsdiagrammen in einer Ansicht
    • Überlagerung von Bildun und Diagramm möglich
    • Speichern und verwalten von Bildern und Datentabellen im Archiv, für Dokumentationszwecke
    • Benutzerdefinierte Diagramme
  • erstellt VergleichsDiagramme nach folgenden Normen
    • Grains:
      • DIN EN ISO 643:2012
      • ASTM E 112-13 Plate I – IV
      • GB/T 6394 2002 Plate I – IV
    • Graphite
      • EN ISO 945-1: 2008 + Cor. 1: 2010
    • Non-metallic inclusions (NMI)
      • ISO 4967 2013
      • GB-10561
      • EN 10247 2007
      • ASTM E 45 2013
      • DIN 50602 1987

• Modul Onlinemessen, (verfügbar für die Starter-Version ebenso wie die Vollversion) ermöglicht die Nutzung von Messfunktionen im Livebild

Änderungen, die die kostenlose Starter-Version und die Vollversion betreffen:

• Die Darstellung bei sehr hohen Bildschirmauflösungen erfolgt nun ohne Fehler.
• Die Erstellung von Formularen und Berichten wurde verbessert
  • Leider ist der Formulargestalter aber weiterhin nur für sehr sehr simple Formularstrukturen ohne graphische Gestaltung sinnvoll einsetzbar.
• Das Aufnahmen von Bildern ist nun auch per Hotkey F2 möglich
• es gibt eine Option die festlegt, ob das Livebild der Kamera nach dem Aufnahmen eines Bildes automatisch weiterläuft oder nicht.
• bei der Werkbank ‘Bildbearbeitung’ gibt es nun eine Vorschaufunktion.
• Bei den Messwerkzeugen kann nun ausgewählt werden, ob das Werkzeug nach Durchführung einer Messung weiter ausgewählt bleibt oder nicht.
• Das Standard-Dateiformat in dem ein Bericht gespeichert wird, kann nun in den Archivoptionen festgelegt werden.

Änderungen, die nur die Vollversion oder einzelne Module betreffen:

• Die Erstellung von Job-Templates wurde erweitert und verbessert, unter anderem lassen sich Aufgaben nun in “Schleifen” und “Gruppen” gruppieren:

• außerdem wurde die Job-Aufgabe ‘Validation / Eingabebilder prüfen’ hinzugefügt.

• Die Benutzeroberfläche der Vorlagenverwaltung wurde übersichtlicher gestaltet.

• Benutzerkonten können nun mit einem Profilbild ausgestattet werden.

• Modul Bildanalyse: Neue Funktionen, u.A. Speichern und Laden von Bildanalyseeinstellungen in einer Datei
  • Klassen
    • Handhabung der Klassen wurde vereinfacht
    • Button ‘Unterklasse’ erstellt eine neue Klasse innerhalt der ausgewählten Klasse.
  • Messrahmen
    • Farbauswahl
    • Option um den Messrahmen auf analysierten Bildern anzuzeigen.
  • Automatische Segmentierung
    • zusätzliche Segmentierungsmethode: Dynamic thresholding
    • Additional Binary preprocessing functions: Open, Close, Erode, Dilate
  • Regionenfilter
  • Interaktive Segmentierung
    • Erneute Anwendung des Regionenfilters nach der Segmentierung
  • Features Setup
    • Funktionen aller Regionen als eigene Bereiche
    • Farbauswahl für alle Regionen
    • Farbauswahl für Annotationen
  • Messdaten
    • Farbauswahl und Auswahl der Liniendicke für die Highlight-Box

Meta-Bilddaten – Mini-Berichte ohne Aufwand

Und zum Abschluss all dieser Änderungen wollen wir noch auf eine Funktion in Zen 2 Starter hinweisen, die gar nicht neu dazugekommen ist, aber oft übersehen wird: Das Speichern von Metabilddaten im Bild selbst. So lässt sich eine Art simpler Bericht mit jedem Bild erstellen, ohne dass dies zusätzlichen Aufwand erzeugt.

Der Tab “Bilddaten” befindet sich  unter dem Kamerabild neben dem Tab “Anzeige” und ist im Livebild nicht zu sehen, nur bei einer Aufnahme. Hier werden ausgewählte Metadaten zum Bild angezeigt und ein Eingabefeld für einen Kommentartext. Dieser Tab ist nun seit der der aktuellen Version standardmäßig aktiviert und muss nicht mehr erst über die Optionen eingeschaltet werden (Konfiguration > Allgemein Optionen > Dokumente > Bilddatenleiste anzeigen)

Damit lässt sich der eine oder andere simple Bericht ganz ohne weiteren Aufwand erstellen, indem die relevanten Metadaten beim Speichern auf bzw. unter dem Bild eingeblendet werden: alles was dafür notwendig ist, ist es die Anwender- bzw. Firmendaten in den allgemeinen Optionen im Tab “Benutzer” einzutragen und im Tab “Dokumente” festzulegen welche Optionalen Daten zu jeder Aufnahme angezeigt werden soll.

Die Auswahl der möglichen Metadaten umfasst noch mehr, als auf dem obigen Screenshot zu sehen ist, alle weiteren Angaben beziehen sich allerdings auf komplexere Mikroskopsysteme, die für die Lichtmikroskopie nicht relevant sind. Außerdem sei erwähnt, dass einige Optionen nur mit der Vollversion von ZEN und oder codierter Mikroskophardware sinnvoll sind.

So vorbereitet können Sie nun bei jeder Bildaufnahme den Bilddaten-Kommentartext eintippen und mit einem Häkchen in der Checkbox “Burn-in Data zone” beim Speichern der Aufnahme gelangen Sie zu folgendem Ergebnis in der gespeicherten Bilddatei:

Zeiss lädt mit einem vielseitigen Programm ein ins neue Zeiss Microscopy Customer Center in Oberkochen. Es gibt neben Vorträgen und Werkstouren auch verschiedene Workshops, unter anderem aufgeteilt in Biowissenschaften und Materialwissenschaften.

Das genaue Programm und weitere Details zur Anmeldung gibt es auf

zeiss.de/mikroskopie/dynamic-content/events/2018/day-of-microscopy.html

und direkt zum Download als PDF-Datei unter

zeiss.de/content/dam/Microscopy/events/2018/microday/tag-der-mikroskopie-2018_de.pdf

Die aktuelle Service DVD von Zeiss mit der Nr. 73 steht zum Download bereit und präsentiert uns eine stark überarbeitet neue Version von ZEN 2 mit einigen neuen Funktionen auch in der kostenlosen Variante:

• Es wurde schon vielfach unter Windows 10 ohne Probleme eingesetzt; nun wurden aber nochmals einige Fehler beseitigt und so ist Zen nun auch offiziell kompatibel zu Windows 10 in allen Varianten.
• Sie können Panoramabilder auch ohne motorisiertes Stativ zusammenfügen (Stitching). Diese Funktion wurde stark verbessert, und ermöglicht es nun, einzelne Aufnahmen manuell grob zueinander zu positionieren; beim Abschließen des Vorgangs werden die Bilder dann automatisch so zusammengefügt, dass sich ein gleichmäßiges Bild ohne Artefakte und Kanten ergibt:

manuelles Panorama (Stitching)

• Auch das automatisierte Stitching ist nun sogar im kostenlosen Zen 2 Starter verfügbar; mit dieser Funktion können Sie ein zusammengesetztes Panoramabild durch Bewegen eines Kreuztisches erstellen ohne einzelne Aufnahmen manuell zu erstellen. Sie verschieben die Tischposition und die Software positioniert den Bildausschnitt ganz von alleine. Leider erfordert diese Technik eine sehr hohe Bildwiderholrate für zuverlässige Ergebnisse und ist somit nicht mit jeder Kamera und Probe optimal einsetzbar:

automatisches Panorama (Stitching)

• Die Funktion für erweiterte Tiefenschärfe zum Kombinieren mehrere Bilder mit unterschiedlicher Schärfeebene wurde überarbeitet und lässt sich nun durch zusätzliche Optionen besser an die Probe anpassen. Welche Einstellungen für Ihre Arbeit die zuverlässigsten Ergebnisse liefert, muss aber doch ausprobiert werden :

verbesserte erweiterte Tiefenschärfe

• Neue Werkbank ‘Bildverarbeitung’. Nach dem Erstellen einer Aufnahme, ob aus dem Livebild oder mit einer anderen Funktion von ZEN stehen nun mit der Werkbank “Bildverarbeitung” folgende Optionen zur Optimierung Ihrer Bilder zur Verfügung.

Werkbank “Bildverarbeitung”

• Anpassen
  • Farbbalance
  • Farbtemperatur
  • Farbton/Sättigung/Helligkeit
  • Histogrammausgleich
  • Lokale Kontrastoptimierung
  • Shading-Korrektur
  • Weißabgleich
• Umformen
  • Bildgröße ändern
  • Drehen
  • Spiegeln
  • Stitching
  • Verschiebung
• Schärfen
  • Konturen verstärken
  • Unscharfmaskierung
• Glätten
  • Gauss
  • Median
  • Sigma

Einige dieser Funktionen erfordern genauere Kenntnis oder zumindest Ausprobieren, simple Einstellungen wie das Anpassen der Helligkeit oder ein Bild zu drehen sind jedoch auch ein hilfreiches Werkzeug um sich die Standardnachbearbeitung in anderer Software zu sparen.

CZI ist das Dateiformat von Zeiss für alle Mikroskopie-Imaging-Anwendungen von Axiovision bis ZEN. Die Bildinformationen selbst werden intern im JPG XR-Format gespeichert, das sowohl verlustfreie, als auch verlustbehaftete Kompression ermöglicht. Es gibt aber auch die Möglichkeit mehrere Aufnahmen für mehrdimensionale Bilder, Zeitreihen, Z-Stapel und virtuellen Slides in eine CZI-Datei zu speichern. Außerdem kann das Format noch folgende Metadaten verwalten:

• Aufnahmedaten, Keywords, Benutzerkommentare
• Mikroskoptyp und Einstellungen
• Laser-oder Beleuchtungsstärken
• Abmessungen und Maßstäbe
• verwendete Kontraste und Objektive
• fluoreszierende Farbstoffe und Filter
• Tisch- (x,y) und Fokus- (z) Positionen
• Kamera- und Detektor-Parameter wie Belichtungswerte, Binning, Bit-Tiefe, Pixel-Verweilzeit
• automatische oder benutzerdefinierte Elemente und Anmerkungen
• Proben-Barcode-Information

Der Nutzen, diese zusätzlichen Informationen gemeinsam in einer Datei abzuspeichern, steigt natürlich mit der Anzahl von Softwarelösungen, die das Dateiformat unterstützen. Viele Anwendungen mit Mikroskopiebezug haben die Verwendung von CZI-Dateien bereits integriert:

• OME Bio-Formats / OMERO
• Fiji & ImageJ
• Python (via python-bioformats or czifle.py)
• CellProfler
• Icy
• KNIME
• MATLAB
• Visiopharm
• Imaris
• Da-Cons
• HS-Analysis
• arivis Vision4D
• MicroBrightfeld
• Indica Labs
• Image Pro
• Amira
• Columbus
• Definiens
• microDimensions
• Orbit
• QuPath

Wer sich mit der Verwendung des CZI-Formats für die eigene Softwareentwicklung interessiert, kann einen Blick auf folgende Open Source Cross-Platform C++ Bibliothek für CZI-Dateien bei Github werfen: github.com/zeiss-microscopy/libCZI

Zum Anfordern einer detaillierten Dokumentation des CZI-Formats gibt es auch das folgende Formular bei Zeiss: www.zeiss.de/mikroskopie/produkte/mikroskopsoftware/czi/czi-download.html

Und die wohl nützlichste Anlaufstelle für Fragen zu dieser Bibliothek oder dem Dateiformat ist wahrscheinlich das Developer Forum von Zeiss.

forums.zeiss.com/microscopy/community